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Eu sabia, mas não imaginava como ficaria em uma linha a salvação de muitas horas de código e trabalho *mobral*. Agora está pronto para automatizar os milhares de arquivos de dados excel no windows. (Obviamente no linux seria muito mais trivial usando o sed, mas…)

dados_xls = dados_xls.replace({',': '.'}, regex=True)

Substitui as vírgulas por pontos como separador decimal em um DataFrame gerado a partir de um arquivos em microsoft excel. então pode ser salvo no formato CSV adequadamente.

Código completo:

import pandas as pd

fin = 'BNS01_XLS_15_12.xls'
fout = 'BNS01.csv'
dados_xls = pd.read_excel(fin, 'BNS01_XLS_15_12', index_col=None)
dados_xls = dados_xls.replace({',': '.'}, regex=True)

dados_xls.to_csv(fout, encoding='utf-8')

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